将香港机械设备运输到深圳并完成清关到门货运，需要综合考虑多个环节，确保流程顺畅。以下是一些关键步骤和注意事项：

一、前期准备

了解相关法规和政策：

提前了解中国海关和香港海关关于机械设备进口的相关政策、规定和限制，特别是安全标准、环保标准、质量标准等。

确认机械设备是否属于需要特殊许可或认证的类别，如涉及安全标准，可能需要提供相应的安全证书。

准备必要文件：

商业文件：包括购买合同、发票、装箱单等。

技术文件：设备的技术规格书、使用说明书、维修记录等。

报关资料：包括品名、毛重、净重、体积、型号、产地、货值、数量、规格、HS编码、公司抬头、合同等。

其他可能需要的文件：如原产地证明、中检证书（如适用）等。

选择合适的运输方式和物流公司：

根据机械设备的性质、数量和运输时间要求，选择合适的运输方式，如陆运。

选择一个可靠的货代公司，提供全程物流服务，包括货物运输、清关代理等。考察货代公司的资质、经验、服务质量和价格等因素。

二、运输与清关

货物装箱与固定：

将机械设备妥善装箱，并在箱内做好固定措施，以防止设备在运输过程中发生移动或损坏。

将露在外的电线部分整理捆绑好，减少运输途中的损伤。

运输安排：

物流公司负责将货物从香港运输至深圳，并安排清关手续。

清关流程：

机械设备到达深圳港口后，向海关提交一系列报关文件，包括进口合同、发票、装箱单、提单、中检证书等。

海关将对机械设备进行查验，以确保货物与报关资料一致，并符合国内相关法规要求。查验过程中，进口商需配合海关人员，提供必要的协助。

根据设备的货值和税率，计算并缴纳相应的关税和增值税。

三、后续流程

获得放行通知：

经海关查验合格后，进口商将获得放行通知。此时，机械设备已完成清关流程，可以正式进入内地。

运输与提货：

获得放行通知后，进口商可以安排机械设备的运输和提货。根据实际需要，可以选择陆运等方式将机械设备运往目的地。

四、注意事项

文件准备齐全：

确保所有必要的文件和资料都已准备齐全，以免因文件不全而导致报关延误或受阻。

选择专业代理：

选择具有丰富经验和良好信誉的报关代理公司，以确保报关效率和准确性。

关注政策变化：

进口商应密切关注海关新政策，以便及时调整运输计划，并确保货物符合新的标准和要求。